본 연구의 목적은 설립취지를 반영한 충북지역 농공단지의 효율성을 분석하는 것이다. 이를 위해 자료포락분석(DEA)를 활용하였으며, 충북지역 35개 농공단지를 대상으로 분석을 진행하였다. 분석 결과, 충북지역의 농공단지 VRS 효율성은 0.657로 전체적으로 비효율성을 띄고 있었다. 효율성이 높은 13곳의 농공단지는 주로 충북지역의 중부에 위치한 진천군, 청주시, 괴산군, 증평군에 집중되어 있었으며, 상대적으로 수도권에 인접하고 교통인프라가 좋으며 시설과 건축면적이 큰 특성을 보였다. 효율성이 높은 농공단지에서는 전기장비 제조업과 식료품 제조업이 전체 업종 구성의 1/3 이상을 차지하였다. 또한 효율적인 농공단지의 HHI 지수는 0.45, 비효율적인 농공단지의 HHI지수는 0.25로 나타났다. 이를통해 효율적인 농공단지가 비효율적 농공단지가 비해 업종 집중도가 더 높음을 확인하였다. 따라서 농공단지의 효율성을 높이기 위해서는 업종별 집중도를 높이기 위한 클러스터 조성, 규모화된 업체의 유치, 교통인프라가 낮은 지역에 대한 투자 및 정책적 지원 등이 필요한 것으로 나타났다.